Ειδικότεροι σκοποί λειτουργίας του Εθνικού Μητρώου Ασθενών COVID-19 είναι:

α) η άμεση και ταχεία καταγραφή των κρουσμάτων του κορωνοϊού COVID-19 στα νοσοκομεία αναφοράς, στα ειδικά κέντρα υγείας της χώρας και σε κάθε φορέα παροχής υπηρεσιών υγείας με δυνατότητα επέκτασης της χρήσης του,

β) η άμεση καταγραφή και ιατρική παρακολούθηση της εξέλιξης των κρουσμάτων που εντοπίζονται ή και παρακολουθούνται από τις Κινητές Ομάδες Υγείας Ειδικού Σκοπού,

γ) η αυτοματοποίηση της διαδικασίας έκδοσης παραπεμπτικών για την εξέταση του κορωνοϊού COVID-19, και

δ) η διαμόρφωση επαρκών επιδημιολογικών δεδομένων για την, επί τη βάσει των καταγραφών αυτών, αποστολή των δειγμάτων από τον Εθνικό Οργανισμό Δημόσιας Υγείας προς τα διαπιστευμένα εθνικά και άλλα εργαστήρια.

Κάθε δημόσιος ή ιδιωτικός φορέας πρωτοβάθμιας, δευτεροβάθμιας ή τριτοβάθμιας παροχής υπηρεσιών υγείας, σε όλη την επικράτεια και κάθε γιατρός είτε στο δημόσιο σύστημα υγείας είτε στο ιδιωτικό υποχρεούται να ενημερώνει αμελλητί το Μητρώο και τον ΕΟΔΥ, και μόνο στην περίπτωση που η καταγραφή μέσω του Μητρώου δεν καθίσταται εφικτή, ενημερώνει με κάθε άλλο πρόσφορο διαθέσιμο μέσο. Κάθε παράλειψη επιφέρει διοικητική ποινή προσωρινής αναστολής της άδειας λειτουργίας νομικού προσώπου ιδιωτικού φορέα υπηρεσιών υγείας για χρονικό διάστημα έως έξι μηνών και, σε περίπτωση υποτροπής, έως οριστική ανάκληση της άδειας λειτουργίας.

Την επεξεργασία για τη σύσταση και λειτουργία του συστήματος αρχειοθέτησης του Εθνικού Μητρώου Ασθενών από τον κορωνοϊό COVID-19 αναλαμβάνει η Ηλεκτρονική Διακυβέρνηση Κοινωνικής Ασφάλισης (ΗΔΙΚΑ) ΑΕ.